中国经济改革研究基金会的领导机构是理事会，学术决策机构为学术委员会，监督机构为监事会，日常事务由秘书处负责。基金会秘书处内设机构有：学术部、慈善部、财务部、投资部、办公室。
理事会：基金会最高权利机构，由知名学者、专家、资助人代表组成；理事会选举产生理事长、副理事长。
理事长：孔泾源
理事（按姓氏笔画为序）：孔泾源、石明磊、张宝龙、张新海、杨冠三、高剑虹、徐骥、黄永山、曹和平、鲁利玲、管清友
监事会：基金会的监督机构，依照章程规定的程序检查基金会财务和会计资料，监督理事会遵守法律、法规、规章和章程的执行情况。
监事长：任俊峰
监事（按姓氏笔画为序）：冯楚军、任俊峰、郝思思
秘书处：负责基金会的日常事务和理事会授权的事项。
秘书长：石明磊
副秘书长：张宝龙、谌利民、张新海
学术部：承担基金会学术性行政工作；
慈善部：承担基金会慈善性行政工作；
财务部：承担基金会财务性行政工作；
办公室：承担基金会日常运转性工作。
学术委员会：基金会学术研究活动的评审机构，负责研究资助项目的选择、审议与验收工作。
学术委员会主任：宋晓梧
学术委员会委员（按姓氏笔画为序）：
马 克 中国经济体制改革研究会研究员
巴曙松 中国银行业协会首席经济学家
王建中 国宏观经济学会副会长、研究员
石小敏 中国经济体制改革研究会高级经济师
刘世锦 国务院发展研究中心原副主任
朱 玲 中国社会科学院学部委员
宋晓梧 国家发改委原党组成员、国务院振兴东北地区老工业基地领导小组办公室原副主任
汪同三 中国社会科学院学部委员
张维迎 北京大学国家发展研究院教授
李曙光 中国政法大学研究生院院长、教授
李 强 清华大学社会科学院院长、教授
何 帆 中国人民大学重阳金融研究院高级研究员
李 实 浙江大学文科资深教授，中国收入分配研究院执行院长、人的发展经济学研究中心主任
余 晖 中国社会科学院工业经济研究所研究员
钟 伟 北京师范大学金融研究中心主任、教授
陶 然 中国人民大学经济学院教授
盛 洪 中国经济体制改革研究会特邀研究员
曹远征 中国人民大学国家发展与战略研究院高级研究员
谢 平 清华大学五道口金融学院教授
温铁军 中国人民大学农业与农村发展学院院长
韩 俊 吉林省委副书记、省长
鲁利玲 中国经济体制改革研究会研究员
樊 纲 中国经济体制改革研究会副会长
魏 杰 清华大学经济管理学院教授
王小鲁 北京国民经济研究所副所长、研究员