中国经济改革研究基金会的领导机构是理事会，战略指导机构为战略委员会，学术决策机构为学术委员会，监督机构为监事会，日常事务由秘书处负责。基金会秘书处内设机构有：学术部、慈善部、外联部（专项基金管理办公室）、办公室（财务资产部）。
理事会：基金会最高权利机构，由知名学者、专家、捐赠人等代表组成；理事会选举产生理事长、副理事长、秘书长。
理事长：石明磊
副理事长：林涛、张晓堂
理事（按姓氏笔画为序）：巴长亮（晁亮）、石明磊、时平生、冷云生、张晓堂、张新海、邵江、林涛、曹恩辉、谌利民、管清友
监事会：基金会的监督机构，依照章程规定的程序检查基金会财务和会计资料，监督理事会遵守法律、法规、规章和章程的执行情况。
监事长：洪小源
副监事长：连启华
监事（按姓氏笔画为序）：连启华、李寿双、洪小源
秘书处：负责基金会的日常事务和理事会授权的事项。
秘书长：谌利民
副秘书长：张宝龙、余希朝、巴长亮（晁亮）
学术部：承担基金会学术性行政工作
慈善部：承担基金会慈善性行政工作
外联部（专项基金管理办公室）：承担基金会外联性行政工作和专项基金管理工作
办公室（财务资产部）：承担基金会财务管理、资产管理、人事管理等日常运转性工作
战略委员会：基金会发展战略指导机构，负责为基金会发展运行提供战略指导和战略资源支持。
主任：彭森
执行主任：杨冠三
学术委员会：基金会学术研究活动的评审机构，负责研究资助项目的选择、审议与验收工作。
主任：宋晓梧
副主任：曹和平
学术委员会委员（按姓氏笔画为序）：
马 克 中国经济体制改革研究会研究员
巴曙松 中国银行业协会首席经济学家
王小鲁 北京国民经济研究所副所长、研究员
王建中 中国宏观经济学会副会长、研究员
石小敏 中国经济体制改革研究会高级经济师
刘世锦 国务院发展研究中心原副主任
朱 玲 中国社会科学院学部委员
宋晓梧 国家发改委原党组成员、国务院振兴东北地区老工业基地领导小组办公室原副主任
汪同三 中国社会科学院学部委员
张维迎 北京大学国家发展研究院教授
李曙光 中国政法大学研究生院院长、教授
李 强 清华大学社会科学院院长、教授
何 帆 中国人民大学重阳金融研究院高级研究员
李 实 浙江大学文科资深教授，中国收入分配研究院执行院长、人的发展经济学研究中心主任
余 晖 中国社会科学院工业经济研究所研究员
钟 伟 北京师范大学金融研究中心主任、教授
陶 然 中国人民大学经济学院教授
盛 洪 中国经济体制改革研究会特邀研究员
曹和平 北京大学经济学院原副院长、教授
曹远征 中国人民大学国家发展与战略研究院高级研究员
谢 平 清华大学五道口金融学院教授
温铁军 中国人民大学农业与农村发展学院院长
韩 俊 吉林省委副书记、省长
鲁利玲 中国经济体制改革研究会研究员
樊 纲 中国经济体制改革研究会副会长
魏 杰 清华大学经济管理学院教授